再贷款与商业银行贷款虽然都能起到资金融通的作用，但二者有很大的区别。
1、贷款的对象不同
再贷款的对象只能是商业银行，除国务院决定中国人民银行可以向特定的非银行金融机构提供贷款以外，人民银行不得向非银行金融机构以及其他单位和个人提供贷款；而商业银行贷款的对象是单位和个人。
2、贷款的依据不同
中央银行的再贷款一般用于解决商业银行临时头寸不足的问题，所期限较短，我国再贷款的期限最长不得超过一年；而商业银行的贷款期限则相对较长，可分为短期贷款、中期贷款和长期贷款。
3、贷款的作用不同
再贷款在整个银行贷款中处于总闸门的地位，因为中央银行投入的是基础货币，其投量和投向可以直接引导和调节整个银行贷款的规模和结构。同时，再贷款还是我国目前重要的货币政策工具之一，是一种有效的调控手段，既可以调节需求，也可以调节供给，可以在不干预金融机构经营活动的前提下，把货币政策的意图传导给金融机构，促使其按货币政策目标开展经营活动。而商业银行贷款则不具有上述作用。