1、与房屋拆迁有关行政许可撤销或确认违法。房屋拆迁依托于政府的行政许可，如果政府行政许可行为被撤销或确认为违法，据此签订的《房屋拆迁补偿协议书》的合法性就存在问题，当事人可依法请求确认《房屋拆迁补偿协议书》无效。
2、房屋估价机构违法或估价不合理。房屋拆迁依托于房屋估价机构的估价行为，如果房屋估价机构不是依法选定的，或者房屋估价机构不依法进行估价，或者房屋估价结果显失公平，当事人可依法请求变更或撤销《房屋拆迁补偿协议书。
3、协议存在重大误解、显失公平。如果在签订《房屋拆迁补偿协议书》过程中存在其他重大误解、显失公平的情形，存在一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立合同的情形，受损害方有权请求变更或者撤销合同。
4、未成年人、限制行为能力人签的协议。如果《房屋拆迁补偿协议书》是由家庭中的成年人、限制行为能力人签的，则可以追认该协议无效。