1、对于员工迟到的问题，公司可按照其依法制定的规章制度和与员工签订的劳动合同来处理，可以对员工处罚款或者警告，但是公司罚款的数额不能超过员工当月工资的20%。
2、《中华人民共和国劳动合同法》
第四条
用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
3、《工资支付暂行规定》
第七条
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。