办理婚后协议公证的流程如下：
1、备好身份证明、涉及的财产所有权证明、婚后财产协议书等材料；
2、到公证处提出公证申请，填写申请表格；
3、受理后，公证员审查财产的权利证明；查问当事人的订约是否意思表达真实；
4、双方在协议书上签名。
根据《公证法》第二十七条，申请办理公证的当事人应当向公证机构如实说明申请公证的事项的有关情况，提供真实、合法、充分的证明材料；提供的证明材料不充分的，公证机构可以要求补充。
公证机构受理公证申请后，应当告知当事人申请公证事项的法律意义和可能产生的法律后果，并将告知内容记录存档。