1、犯罪对象不同，贪污罪只限于公共财产，且不能是不动产，而侵占罪不仅可以是公共财物，还可以是私人财物，且包括不动产;
2、犯罪主体不同。侵占罪的主体是一般主体，只要是代为保管他人财物且对其加以侵占的人，均可成为本罪的主体。贪污罪的主体是特殊主体，即国家工作人员;
3、犯罪客观方面表现不同。贪污罪表现为行为人必须利用职务上的便利，即利用自己职务范围内的权力和地位所形成的经手管理公共财物的便利条件。而侵占罪中行为人是否利用职务上的便利，并不影响该罪的成立。
4、刑事诉讼不同。贪污罪是公诉案件。侵占罪是自诉案件。