人民检察院处理行政申诉案件的程序是：
1.立案
有抗诉权或者有提请抗诉权的人民检察院，对有下列情形之一的，应当自受理之日起30日内立案：
（1）原判决、裁定认定事实的主要证据可能不足的;
（2）原判决、裁定适用法律可能错误的;
（3）原审人民法院违反法定程序，可能影响案件正确判决、裁定的;
（4）有证据证明审判人员在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊或者枉法裁判行为的。
人民检察院决定立案的行政申诉案件，应当通知申诉人和其他当事人。其他当事人可以在收到《立案通知书》之日起15日内提出书面意见。人民检察院决定不立案的案件，应当通知申诉人。
2.审查
人民检察院立案以后，应当及时指定检察人员对人民法院的行政诉讼审判活动调卷审查，并在立案以后三个月内审查终结。对于审查终结的案件，人民检察院应当分别情况作出是否提出抗诉的决定。
3.提请抗诉
地方各级人民检察院对同级人民法院已经发生法律效力的行政判决、裁定，经审查认为符合抗诉条件的，应当提请上一级人民检察院抗诉。
4.出庭
人民法院开庭审理抗诉案件，人民检察院应当派员出席再审法庭。受理抗诉的人民法院指令下级人民法院再审的，提出抗诉的人民检察院可以指令再审人民法院的同级人民检察院派员出席再审法庭。
5.提出检察建议
对于符合提出检察建议条件的，人民检察院可以向人民法院或者其他单位提出检察建议。