1、自然债权的生效时间是指转让合同成立后，合同权利从何时开始由债权人移转于受让人。
2、自然债权采用‘通知到达生效’原则，也就是对已成立的自然债权协议，债权人未将自然债权的事实通知债务人的，因缺乏法定的生效要件而未生效。也有观点认为，根据法条的字面意思，规定的是“未经通知，对债务人不生效力”，而不是 转让合同不生效。这两种理解，即对债务人生效和使转让合同生效，两者产生的法律效果是完全不同的。 合同是否成立，取决于当事人的主观意志，体现的是双方自愿的原则。自然债权协议的当事人，只有债权人（转让人）与受让人，债务人并没有参与订立，其非此合同的当事人。
3、所以，当自然债权的双方当事人意思表示一致时，该合同即成立并生效。而且，通观各国立法及民法理论（德国、法国等）， 几乎均主张债权之转让，依当事人之间的让与契约或者相应的原因关系，即生债权移转之效力，其间不存在履行行为，但非经通知债务人，对债务人不生效力。对于自然债权协议何时生效的理解，亦可为典型代表：“对让与人与受让人之间的债权让与关系而言，是否通知并不是债权让与的构成要件，通知不应当影响债权人和受 让人债权让与协议的成立，即一旦当事人之间达成债权让与协议，则该协议在当事之人间发生效力，债权发生移转，任何一方违反协议，应当承担相应的违约责任。