一、发生工程合同纠纷的，可以按以下方式处理：
（1）当事人自愿协商解决；
（2）第三人或者人民调解委员会居中调解；
（3）向仲裁委员会申请仲裁；
（4）向人民法院提起民事诉讼。
二、根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。