分裂国家罪与背叛国家罪在构成要件及其表现形式上存在着许多相似甚至相同之处，如它们侵犯的同类客体都是国家安全，其直接客体都牵涉到国家的领土完整与安全；它们在客观方面都可能与境外的机构、组织或者个人勾结，并且都以法定危害行为的实行而不以发生危害国家安全的结果作为犯罪成立的要件；它们在主观方面都是出于直接故意，并且这种故意都是就危害行为本身的态度而言的。但他们也具有原则性的不同
1、就犯罪侵犯的直接客体而言，本罪侵犯的直接客体是国家的统一，而背叛国家罪侵犯的直接客体则是国民对其国家的效忠义务。虽然这两种犯罪都涉及到对国家领土完整的危害，但本罪对国家领土的危害，不是将我国的一部分领土分离出去，领土和国家的主权与安全并没有落入外国之手，而是制造地方“独立”的割据局面，这实质上是以破坏国家的统一的方式危害国家安全，就此而言，分裂国家罪属于“内忧”；而背叛国家罪对国家领土的危害，则是勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，背离自己效忠国家的义务而向外国出卖国家主权、出让国家领土，或者策划外国向我国发动战争，侵占我国领土，这实质上是以出卖国家主权、出让国家领土或者破坏国家领土安全的方式而危害国家。就此而言，背叛国家罪属于“外患”。
2、就犯罪的客观方面而言，这两种犯罪也有两点不同：
首先，本罪不要求将“勾结外国”或者“与境外的机构、组织、个人相勾结”作为要件，即行为人是否勾结外国，或者是否与境外的机构、组织、个人相勾结，并不影响本罪的成立。而背叛国家罪缺乏“勾结外国”或者“与境外的机构、组织、个人相勾结”则无以成立犯罪；
其次，在犯罪的行为表现方式和内容上，本罪是通过将中华人民共和国的一部分领土分离出去，脱离中央政府的领导，制造地方“独立”的割据局面而危害国家的领土完整，是以对国家的统一和完整的侵害而危害国家安全。而背叛国家罪则是通过勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结，以对国家主权、领土完整和安全的侵害而危害国家安全。
3、就犯罪主体而言，本罪属于一般主体，即只要年满16周岁、具有刑事责任能力，不管是中国公民，还是外国人、无国籍人，都可以成立本罪。并且，本罪只能由多数人构成，属必要共犯；而背叛国家罪的犯罪主体只能是年满16周岁、具有刑事责任能力的中国公民，并且单独的个人仍然可以构成本罪。
4、就主观故意的内容而言，本罪的行为人具有分裂国家、破坏国家的统一的直接故意，即认识到自己的行为是分裂国家、破坏国家的统一而积极实施；而背叛国家罪的行为人则具有危害国家主权、领土完整与安全的直接故意，即认识到自己的行为是勾结外国，或者与境外的机构、组织、个人相勾结而危害国家主权、领土完整和安全而积极实施。