一、非法经营药品罪立案标准有：
1、个人非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在一万元以上；
2、单位非法经营数额在五十万元以上，或者违法所得数额在十万元以上；
3、虽未达到上述数额标准，但两年内因同种非法经营行为受过二次以上行政处罚，又进行同种非法经营行为；
4、其他情节严重的情形。
二、法律依据：
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第七十九条：违反国家规定，进行非法经营活动，扰乱市场秩序，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（八）从事其他非法经营活动，具有下列情形之一的：
1.个人非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在一万元以上的；
2.单位非法经营数额在五十万元以上，或者违法所得数额在十万元以上的；
3.虽未达到上述数额标准，但两年内因同种非法经营行为受过二次以上行政处罚，又进行同种非法经营行为的；
4.其他情节严重的情形。