土地性质不同，房屋征收程序不同，补偿标准自然也有所区别。
棚户区内国有土地上房屋征收的补偿标准：
被拆迁的房屋价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。补偿可以参考就近区位类似结构的商品房的价格。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条规定，作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括:
(一) 被征收房屋价值的补偿;
(二) 因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三) 因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第19条规定，对被征收房屋价值的补偿不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产市场价格。
棚户区内集体土地房屋征收的补偿标准：
此房屋虽然属于集体土地上的房屋，但因位于城市规划区内，可以参照国有土地上房屋征收补偿标准予以安置补偿。
《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第12条第2款规定：征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿的，补偿安置时房屋所在的区域已经纳入城市规划区的，那么土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应当应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
在棚户区改造的房屋征收程序中，我们要区分国有土地上的房屋征收程序和集体土地上的房屋征收程序。
国有土地上的房屋征收程序：
(一)作出房屋征收决定的前置要件(符合公共利益需要)
(二)市县级人民政府作出房屋征收决定，并予以公告
(三)房屋评估
1.评估机构由被征收人进行协商选择;
2.评估机构的评估必须严格依据《国有土地上房屋征收评估办法》进行评估;
3.房屋征收部门应当将分户的初步评估结果在征收范围内向被征收人进行公示;
4.对评估结果有异议的，可以在收到评估报告后10日内申请复议评估，对复核评估结果有异议的，可以申请鉴定。
(四)市县级人民政府作出房屋征收补偿决定
(五)强制拆除
在这里需要注意的是，被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼的，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，是可以进行司法强拆的。
集体土地房屋征收的程序：
1.拟征收农民集体所有的土地，县(市、区)国土资源部门应当将拟征地的面积、用途、位置、补偿标准、安置途径等情况，以书面形式告知被征地农村集体经济组织。
2.征地书面告知后，县(市、区)人民政府组织相关部门对拟征收土地的权属、地类、面积以及青苗和地上附着物权属、种类、数量等现状进行调查清点，调查结果须与被征地农村集体经济组织、农户和地上附着物产权人签字确认。
3.县(市、区)国土资源部门会同有关部门依据有关规定、土地征收补偿安置标准和调查确认结果，拟定《征地补偿安置方案》。
4.被征地的农村集体经济组织对《征地补偿安置方案》有异议并要求听证的，县(市、区)国土资源行政部门应当按照《国土资源听证规定》的程序和有关要求组织听证;没有异议的，由申请用地单位或市(县)土地储备中心根据《征地补偿安置方案》核定的费用标准将征地补偿费、耕地开垦费、征地管理费和失地农民社保费用全额缴入预存征地补偿款专户。
5.征地补偿款预存后，县(市、区)国土资源行政部门应当按照有关规定编制“一书四方案”，连同以下材料报市国土资源局审查。
6.用地批准后，由县(市、区)人民政府在被征收土地所在地的农村集体经济组织予以公告。
7.公告结束后，市、县国土资源行政部门按照批准的《征地补偿安置方案》，由预存款专户将征地补偿安置费用、地上附着物和青苗补偿费足额支付给被征地农村集体经济组织。