1、书面审查。书面审查是行政机关审查行政许可申请材料最主要的方式。
2、实地核查。有些行政许可，尤其是对物的行政许可，行政机关必须去现场，核实申请材料反映的内容是否与实际情况一致。实地核查应当由两名以上工作人员进行。
3、听取利害关系人意见。行政许可法第36条规定，行政机关对行政许可申请进行审查时，发现行政许可事项直接关系他人重大利益的，应当告知利害关系人。申请人、利害关系人有权进行陈述和申辩。行政机关应当听取申请人、利害关系人的意见。
4、其它审查方式。行政许可还可以通过听证、招标、拍卖、检验、检测、检疫、鉴定、考试、考核等方式作出行政许可决定。