解决国有企业的不良债务问题决不能一蹴而就，需要一个逐步化解的过程。但是考虑到国有企业改革与银行商业化改革的需要，也不能仅采取从增量控制的方法来逐步稀释不良债务。比较合理的选择是采用短期治理与长期致力相结合的方法。
1、从体制上讲，应当彻底规范政府行为，抓好企业改革，使其真正成为自主经营、自负盈亏和具有产权的主体。不良债务的形成与我国政府的职责不清、行为缺乏约束有着密切的关系。政府对企业管得过多僵化了企业的经营管理，政府将自身的一些职能或责任转移到企业，使企业背上沉重的包袱，政府参与企业的资通过程并对最终对债务负责，形成了资金的软约束。因此，应当转变政府尤其是地方政府的观念，减少政府对企业的干预，使其真正成为具有行为能力的法人，并为自身的经营效果负责。
2、从企业角度讲，应加快企业制度的建设，转换企业的经营机制。过去企业的生产活动完全由政府决定，盈亏都由政府负责，使企业缺乏经营灵活性和积极性。而在现代企业制度下，企业是由多个产权主体构成，企业拥有对财产的所用、使用、收益和处置权，就可根据市场变化及时做出判断和决策。而且由于企业经营活动受到各利益相关主体的监督，企业行为也将更为合理。
此外，应建立严格的企业内部控制制度。明确各岗位的职责，并实施岗位负责制，建立有效的工作绩效评价标准，做到奖罚分明，同时应注重对企业员工的职业培训，提高员工工作能力，引入岗位的竞争机制，以充分激发员工的能动性和主动性。