1、指代不同。边检：边防检查，对出入国境人员的护照、证件、签证、出入境登记卡、出入境人员携带的行李物品和财物的检查。海关：依据本国（或地区）的法律、行政法规行使进出口监督管理职权的国家行政机关。

2、职责不同。边检：对出境、入境的人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查；按照国家有关规定对出境、入境的交通运输工具进行监护；对口岸的限定区域进行警戒，维护出境、入境秩序；执行主管机关赋予的和其他法律、行政法规规定的任务。海关：监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品；征收关税和其他税、费；查缉走私；编制海关统计；办理其他海关业务。