凤头鸊鷉是国家三级保护动物。

凤头鸊鷉分布范围广，不接近物种生存的脆弱濒危临界值标准，而且凤头鸊鷉的种群数量趋势稳定，因此被评价为无生存危机的物种。

凤头鸊鷉主要繁殖在黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北北部、甘肃、宁夏、青海和西藏等省和自治区，越冬时则经过河北、河南、山西、陕西等省，迁往西藏南部、云南、四川、安徽，以及长江以南、东南沿海和台湾岛等广大地区，有一部分凤头鸊鷉也在中国东北的辽东半岛和东部沿海一带越冬。