夫妻分居离婚程序一般有协议离婚和诉讼离婚：

1、协议离婚程序有当事人提交相关材料、填写离婚登记声明书，婚姻登记员对当事人提交材料进行审查，符合离婚条件的，表颁发离婚证；

2、起诉离婚程序有当事人起草起诉状；准备证据；向有管辖权的法院递交起诉状和证据；缴纳诉讼费用；等待人民法院开庭通知。

法律依据：

根据2021年1月1日起生效施行的《民法典》第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

第一千零七十八条

婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。