胚轴位于胚芽和胚根之间，并与子叶相连，作用是以后形成根和根茎相连的部分。在种子萌发时，胚轴的生长对某些种子的子叶出土有很大的帮助。

胚轴位于胚根和胚芽之间，并与子叶相连，一般很短；依据子叶着生的位置将胚轴分为上胚轴和下胚轴，即子叶着生点至第一片真叶之间，称上胚轴，而子叶着生点到胚根之间，称下胚轴。胚轴发育为连接茎和根的部分。