自近年以来，陆续出现了养殖扇贝的大量死亡，并有越来越严重的趋势。有的海区虽然尚未发生大量死亡，但却出现了扇贝生长缓慢，出柱率降低的现象。养殖扇贝大量死亡，一般发生在以下海区：

一是海水流速小，交换差的浅海和封闭性较强的内湾。

二是受陆源有机污染（城镇污水、养虾池废水）影响较大，水体出现富营养化的海区。

三是扇贝及其他滤食性贝类养殖规模大，密度高，养殖开发的时间较长的海区。

养殖扇贝大量死亡的原因比较复杂，但从根本上说还是由于养殖密度过大，超过了环境容纳量所造成。从垒局来看，浅海养殖开发不是过度而是不足。但从某些局部来看，则可能出现开发过度，即养殖数量超过了环境容纳量。这主要表现在两个方面：

一是饵料不能满足养殖扇贝的需要，

二是扇贝的粪便在海底沉积加重了底质的负荷。

另外，死亡还主要发生在高水温期。不仅栉孔扇贝往往发生大量死亡，海湾扇贝死亡更为严重。这是因为，8月份海湾扇贝陆续发育成熟，产卵之后体质衰弱，生理活性显著下降。这一时期常常出现大的降雨过程，而降雨往往伴随着大风发海，结果一方面促进了底质中的有害物质往海水中转移、扩散，另一方面造成海水浑浊，悬浮物质增多。再加上高水温细菌活跃，原生动物大量繁殖，因而造成扇贝大量死亡。

大量死亡一旦发生，往往引起连锁反应。可以说，海湾扇贝产卵后体质衰弱是大量死亡的 内在因素，底质老化则是外部条件，发海诱发了底质对扇贝的不良作用，高水温则加重了这种作用。

防止海湾扇贝大量死亡，可采取晚育苗，或者早育苗晚分苗的措施，尽量使其在高水温期之后产卵、排精。但是最根本的办法是合理规划养殖海区，适当控制养殖密度。