水藻清除的方法有三种：一是用刮刀直接将水藻刮掉；二是使用除藻剂；三是用除藻动物来清除水藻。三种方法各有自己的优缺点，用刮刀清除水藻的优点是过程简单，价格低廉，可连续多次使用，且是物理方法清除，对环境影响最小，不会破坏原有生态环境；当然刮刀清除海藻的缺点也很明显，一般在角落里面的海藻很难清除完全，而且海藻清除之后的清理也比较麻烦，很难完全清理干净。

用除藻剂清除水藻的方法属于化学方法。这种方法的优点是药物类的药剂对所有的海藻都会起到作用，可以有效清除角落的海藻，而且方法非常简单，把药剂放进去就可以起到效果；但是使用药剂的缺点也与此有关，那就是副作用很大，当药剂加入进去之后，会破坏原来的生态环境，不仅对海藻起作用，对其它生物或是微生物都会有影响，而且药剂对海藻的影响很有限，效果普通，不如其它两种方法彻底。

用除藻动物来清除海藻的方法是最科学，也是最有效的方法。这种方法的优点是安全，完全没有副作用，而且清除彻底，省时省力；科学有效，这种方法对生态环境没有任何影响，且增加了生态环境的多样性；缺点是这种方法耗时较长，需要花费较多的时间，才能将水藻清除完全；且这种方法的花费较高，需要投入较多的金钱才能完成这个方法。