粪肥直接施入池塘，除消耗溶氧，产生硫化氢有害气体外，粪便中还有很多病菌和寄生虫，有可能传播疾病，妨碍环境卫生，所以鲜粪必须腐熟后再用，既能杀死病原体，又可以少消耗鱼池中的溶氧。

人粪尿和畜粪腐熟时，容器要加盖遮荫，以免损失。以10份尿、l份粪混在一起作用，尿中的尿紊分解产生大量的氧，碱性很大，在夏天只要3天左右，天冷时7天左右，就可以把虫卵、病菌杀死。不使用这个配方时间要长一些，一般需半月左右。

腐熟好的人粪尿呈暗褐色或绿色，有机质已初步分解，施入水中后对氧气的消耗比鲜粪少。使用时可溏出汁液，全池泼洒。

厩肥和堆肥堆积腐烂的过程更长，一般要2-3个月到6-7个月不等，才能将浮游植物不能利用的养料，转变为容易利用的养料。堆肥的材料，要事先切碎，堆中加些人粪尿或磷肥，能促使其迅速发酵腐熟。正确的做法是开始时堆得疏松一些，以利于堆内升温，温度升高后，再用锹拍紧，以防养分损失。腐热好了以后，再施入鱼池。

不要以为肥料堆积起来养分就不易损失。含氮的有机物腐熟后在氧气不足的情况下，经一些微生物的作用可以还原成氮气，氮气是看不见的，自己会跑到空气中去。因此要保证堆肥内有一定的通气条件，以减少这种损失。