海狸鼠选配方式主要有两种，一是同质选配，另一种是异质选配。

(1)同质选配。就是选择毛绒品质、体型、繁殖力优良的公鼠与同样优良的母鼠配对，使下一代同样能保持这些优点。这种方式的优点是：遗传性能稳定，纯种繁育常用此法。

(2)异质交配。就是将具有不同优良性状的公、母鼠进行交配，以期在子代中获得双亲不同优良性状的个体；或者将某些性状优秀的公鼠与母鼠进行交配，以期达到提高子代该性状的品质，或使一方亲体的缺点被另一方所改造，类似杂交的效果。异质选配是提高生产性能、改良鼠群品质，综合有益性状的选配方式，故在各养殖场运用比较普遍。