1、出果率不同：红心菠萝蜜由于果实比较圆润饱满，果丝较少，出果率比较高，一般13斤的果子出肉率高达5-6斤左右；黄心菠萝蜜果丝较多，20斤的果子出果率在4-5斤左右。

2、甜度不同：红心菠萝蜜果肉呈橙红色，肉厚甜脆，香味比较浓郁，甜度高达25度左右；黄心菠萝蜜果肉呈金黄色，甜度比红心菠萝蜜清淡，果肉甜度只有17度左右。

3、体型不同：红心菠萝蜜呈椭圆形更圆润饱满，中等大小；黄心菠萝蜜果型比较长，个头也比较大。