1、用于风湿痹痛、筋脉拘挛、脚气肿痛。木瓜有较好的舒筋活络作用，且能化湿，为治风湿痹痛所常用，筋脉拘挛者尤为要药。如木瓜煎，治筋急项强，不可转侧，即以本品配乳香、没香、生地。治脚气肿痛，冲心烦闷，常与吴茱萸、槟榔等配伍。

2、用于吐泻转筋。木瓜治此症，一则使湿浊得化，中焦调和；二则舒筋活络，使吐利过多而致的足腓挛急得以缓解。如蚕矢汤治疗此症，即以本品与薏苡仁、蚕沙、黄连、吴茱萸等同用。此外，本品尚有消食作用，可用于消化不良证。