根叶区别：水菖蒲的根茎粗度在5mm～10mm之间，叶片长度在90cm～150cm之间，为绿色，中肋明显；石菖蒲的根茎粗度在2mm～5mm之间，叶片长度大约在20cm～30cm左右，为暗绿色，中肋不明显。生长区别：水菖蒲生长在温暖的环境中，每年2～9月开花；石菖蒲生长在半阴的环境中，每年4~5月开花。

1、根叶区别

水菖蒲的根茎粗度在5mm～10mm之间，颜色呈黄褐色，肉质根粗5cm～6cm左右，须根都呈毛发状的。水菖蒲的叶片呈剑状，长度在90cm～150cm之间，叶片为绿色，光泽明亮，中肋明显。

石菖蒲的根茎粗度在2mm～5mm之间，颜色呈淡褐色，带有淡淡的香味，肉质根茎，伴有很多须根，节间的长度一般在3mm～5mm。石菖蒲的叶片极薄，呈线性，长度大约在20cm～30cm左右，叶片为暗绿色，中肋不明显。

2、生长区别

水菖蒲喜欢生长在湿润、温暖的环境中，适宜的生长温度在20℃～25℃左右。水菖蒲的花期在每年的2～9月，花期长，花开为黄绿色。水菖蒲全国各地均有分布，一般生长在水边、湖泊和沼泽湿地中。

石菖蒲喜欢生长在半阴的环境中，不能直接接触阳光，喜欢湿润的生长环境。石菖蒲每年4~5月开花，花茎叶状，呈现扁三棱形，肉穗花序，花小而繁多，淡黄绿色，浆果肉质，呈倒卵圆形。