杏树具有强大的根系，能深入土壤深层。与多种果树比较，杏树根系强大、分布甚为广远。根系深入土层的深度因土壤状况不同而有所差异。在土壤较厚，水分条件好的情况下，根系能深达7米左右。在土壤较薄的情况下，根分布浅而广。要想获得高产优质，在栽植时，就要深翻扩穴，改善根系环境，保证高产长寿。

杏树的根和其他果树根一样，在一年中没有绝对的休眠期。如温度、水分和空气条件得到满足，全年均可生长。但由于果树本身、自然条件和栽培技术的差异，根系生长往往表现出周期性。杏的根系生长在一年内有二次生长高峰。春季开花发芽后达到第一次发根生长高峰。随着果实的发育和新梢生长，根系生长转入低潮。果实成熟采收后，随着叶片养分的回流积累，根系出现第二次生长高峰，以后随着土温的逐渐下降，根系生长也逐渐转慢，直至被迫进入休眠。

杏树根系的生长也与地上部生长相类似，经历着发生、发展和死亡的过程。也就是说，在不断进行着新、老根的交替，随着新根的不断发出，老根相继死去，形成一种自疏现象。

不同的杏树砧木，根系生长表现出一定差异。例如，实生杏或杏砧比桃砧表现更为耐旱和耐瘠等。