1、犯罪目的不同，后罪行为人仅具有非法获得集资款的使用权，不具有非法占有目的。
2、犯罪客体不同，后罪客体为国家对公司股票，企业债券发行的管理制度和投资人的财产利益。
3、行为方式不同，本罪表现为行为人采取包括欺诈发行股票、债券在内的各种诈骗方法进行非法集资，后罪表现为行为人在招股说明书、认股书、公司股票，企业债券募集中隐瞒重要事实或编造重大虚假内容，发行股票或债券。
4、犯罪主体不同，后罪是特殊主体，欺诈发行股票的行为主体只能是经批准以募集方式设立股份有限公司的自然人或单位;欺诈发行公司、企业债券的行为主体是经批准的具有发行债券资格和条件的公司和企业的自然人和单位，具体包括股份有限公司、国有独资公司和国有有限责任公司及其企业。
5、数额、情节、后果要求不同，后罪要求行为人具有发行股票、债券　“数额巨大、造成后果严重或有其他严重情节。