一、概念不同
1、交通肇事罪，是指违反交通管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为。
2、以危险方法危害公共安全罪，是指故意以放火、决水、爆炸、投毒以外的并与之相当的危险方法，足以危害公共安全的行为，危害公共安全罪包括了交通肇事。
二、犯罪构成不同
1、客体不同
交通肇事罪侵犯的客体，是交通运输的安全。
以危险方法危害公共安全罪，侵犯的客体是社会公共安全，即不特定多数人的生命、健康或者大量公私财产的安全。
2、客观要求不同：
交通肇事罪要求违反交通运输管理法规，并且发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受大损失的行为。
以危险方法危害公共安全罪在客观方面表现为以其他危险方法危害公共安全的行为。