1、主体不同
个人行贿罪的主体是自然人，其是一种钱权交易的对向性犯罪，即交易的主体双方具有对向性、同一性，在二者之间，一般不介入其他主体，因此，个人行贿罪具有两个核心要件：一是所谋取的不正当利益，必须是直接归属于自然人；二是所行贿的财物，必须是属于自然人所有、并归其支配。
而单位行贿罪的犯罪主体必须是单位。这里所讲的单位，应指公司、企业、事业单位、机关、团体，既包括国有、集体所有的公司、企业、事业单位，也包括依法设立的合资经营、合作经营企业和具有法人资格的独资、私营等公司、企业、事业单位。
2、归向不同
《刑法》的有关规定，单位行贿罪行贿行为的违法所得必须归单位所有，如果归个人所有，应以自然人的个人行贿罪论处。个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施犯罪的，或者公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处；盗用单位名义实施犯罪，违法所得由实施犯罪的个人私分的，依照刑法有关自然人犯罪的规定定罪处罚。
从立法原文看，两种罪行有重叠、混淆的可能，同时因为两者的量刑幅度和立案标准存在非常大的差别。司法实践中有部分犯罪嫌疑人以单位行贿作为辩护理由企图减轻刑事责任甚至逃脱刑事追究。