（一）两者之间构成逻辑上的包容关系。
按照《医疗事故处理条例》第二条的规定：“医疗事故，是指医疗机构及其医护人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律，行政法规，部门规章和诊疗护理规范，常规，过失造成患者人身损害的事故。”同时规定造成患者死亡或残疾的，分别构成一至三级医疗事故。如果造成患者明显人身损害的其他后果的则构成四级医疗事故。
（二）两者的鉴定主体不一。
现行医疗事故鉴定主体是各级医学会，而鉴定专家多是各级医院的任职医师，，由于不可避免的原因，在实践中就难免会发生不公正的现象。实践中也出现多起医疗事故鉴定被司法复核鉴定推翻的案例。
（三）两者的庭审质证程序明显不同。
按照《条例》，只有卫生行政部门才能对医疗事故鉴定结论进行审查，那么，在司法审判实践中，法院应如何审查?这似乎是一个很难的问题.其实在《人民法院对外 委托司法鉴定管理规定》及《人民法院司法鉴定工作暂行规定》中，对鉴定结论的审查都规定了详细的程序及标准，特别规定鉴定人有依法出庭宣读鉴定结论并回答与鉴定相关提问的义务。然而，我们不难发现，在现行医疗事故鉴定报告上均无鉴定人员的签名，也就让法院无法通知鉴定人到庭接受质证，这一重要的司法审查程序根本无法进行，于是许多鉴定结论在没有充分审查的情况在就被采信了.而在司法鉴定中，每一 份鉴定报告书上均有鉴定人员的签名，如果当事人对鉴定结论不服均可 申请鉴定人员出庭接受质证，在这样严谨的司法审查程序下，法院作出的判决是公正的。