一、客体要件不同
诬告陷害罪侵犯的是公民的人身权利;诽谤罪侵犯的是公民的名誉。
二、主观方面不同
诬告陷害罪的目的是使他人受刑事追究;诽谤罪的目的是破坏他人名誉。
三、客观行为不同
诬告陷害罪是捏造他人犯罪的事实，通常向国家机关或有关单位告发;诽谤罪是捏造有损他人名誉的事实，散布于第三者或更多的人，但不向国家机关或有关单位告发。如果行为人虽然捏造他人犯罪的事实，但并不告发，而是私下散布，旨在损害他人名誉，就构成诽谤罪。
四、诬告陷害罪的认定
认定本罪，主要应注意诬告陷害罪与非罪行为的界限：
(1)本罪与错告、检举失实行为的界限。刑法第243条第3款规定，不是有意诬陷，而是错告，或者检举失实的，不构成本罪。二者区别的标志在于，后者主观上不具有陷害他人的目的，客观上不具有捏造犯罪事实并进行告发的行为。
(2)本罪与一般诬告陷害行为的界限。诬告陷害行为只有情节严重的才构成犯罪。对于对情节一般的诬告陷害行为，不应以犯罪论。情节是否严重，可从行为人的动机、所诬告的罪行大小、诬告的方式方法、行为造成的后果影响等方面考察得出结论。