HPV39阳性是否严重，一般需要根据感染时间、临床珍珠、TCT检查结果等情况进行判断。

1、不严重

如果患者只是单纯的HPV39阳性，而且感染时间比较短，患者没有出现疣，同时TCT检查没有异常，此时通常不严重，大部分患者可以通过自身免疫力将病毒清除。

2、严重

如果HPV39阳性患者感染时间比较长，患者出现了疣如扁平疣、尖锐湿疣等，或者TCT检查结果出现异常，此时患者可能存在宫颈癌前病变，相对来说严重一些。患者出现了疣需要通过冷冻、激光消融，出现宫颈癌前病变时选用通过宫颈锥切术等方式进行治疗。

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