双孢菇栽培的品种较多，各地科研部门根据各地的气候特点和原料条件，相继选育了适合各地栽培的高产优质品种，在生产上推广应用。根据菌株在培养基上性状的不同，主要分为以下四种类型：

①气生型菌株

菌丝洁白，生长旺盛，尖端直立，密度均匀，基内菌丝少，产量高。

②贴生型、匍匐型菌株

菌丝灰白色，平伏较纤细，有束状菌丝，基内菌丝多，菇体质量好。

③半气生型菌株

菌丝洁白，菌丝短，基内菌丝数多，菌丝在培养基上的生长状态介于气生型菌株和贴生型菌株之间。

目前生产上应用的大多数菌株都属于此类。如西北地区推广的双7、双13等，品种表现菌丝长势旺，吃料快，爬土能力强，子实体多单生，出菇均匀，商品性好，产量高，抗病性强，适应性广，适合西北日光温室栽培和高海拔冷凉地区高温反季节栽培。

④杂交型菌株

菌丝银白色，生长旺盛，生长快，菌被少，适应性强，兼有气生型菌株和贴生型、匍匐型菌株的优点，产量较气生型菌株高，质量较贴生型、匍匐型菌株好。

如全国普遍种植的as2796，该菌株菇体洁白，菇形圆整，肉质致密，子实体大小均匀，菌柄粗短，抗逆性强，高产。