主要工艺过程基本一致。即按配方组料、装袋、灭菌、接种、发菌、出芝管理、采收等。发菌期和出菇期的的温度、光照、通风、相对湿度等条件要求基本上和短段木栽培模式相同。但瓶栽灵芝一般采用层架式发菌和出菇。

袋栽灵芝一般采用覆土出菇方式。将长好菌丝的菌袋移入塑料大棚内，用1%高锰酸钾溶液进行袋表面消毒，然后用刀片将袋划破，揭去薄膜，竖立在畦内，菌袋间距2-3厘米，空腔处用沙壤土填充，整畦摆满后，在菌袋顶再撒约1厘米厚的草木灰，草木灰上盖约2厘米厚沙壤土。盖土以后向畦内补水，一般在50千克水中加500克复合肥，这样不仅可保湿，还可促进菌丝扭结形成子实体。