独活根头及主根粗短，略呈圆柱形，长，长1.5-4cm，直径1.5-3.5cm， 下部有数条弯曲的支根，长12-30cm，直径0.5-1.5cm。表面粗糙，灰棕色，具不规则纵皱纹及横裂纹，并有多数横长皮孔及细根痕;根头部有环纹，具多殖环状叶柄痕，中内为凹陷的茎痕。质坚硬，断面灰黄白色，形成层环棕色，皮部有棕色油点(油管)，木部黄棕色;根头横断面有大形贿部，亦有油点。香气特异，味苦辛，微麻舌，以条粗壮、油润、香气浓者为佳。

　　根横切面：木栓层细胞壁微木化。皮层窄，有少数油室，径向32-72μm，切向至120μm。韧皮部较宽，约占根半径的1/2，油室3-8列，圆形或长圆形，直径24-80μm，外缘油室切向约至160μm，近形成层油室甚小;韧皮射线宽3-6列细胞。形成层成环。木质部导管稀少，单个或2-3个径向排列。薄壁细胞含演粉粒。

　　粉末特征：淡黄色或淡棕色，淀粉粒单粒类圆形，脐点、层纹不明显;复粒由10数个分粒组成。油室多破碎，横断面周围分泌细胞类长圆形，直径9-22μm，胞腔内大多含黄绿以或淡黄棕以分泌物及油滴。网纹、螺纹导管直径14-81μm。此外，有木栓细胞及类圆形或类长方形薄壁细胞。